O Hotel do Comércio recebe críticas mistas em relação aos seus quartos, com a limpeza frequentemente notada como um aspeto positivo. Os hóspedes observaram que os quartos são muito limpos, embora alguns mencionem que certas áreas poderiam ter beneficiado de uma limpeza mais minuciosa. A simplicidade dos quartos contribui para o seu conforto, mas o tamanho é uma preocupação recorrente, pois os quartos são frequentemente descritos como pequenos ou muito pequenos. A decoração é notavelmente simples, contribuindo para uma atmosfera estéril, semelhante a um hospital para alguns visitantes.
Os níveis de conforto nos quartos são mistos, com menções a acomodações confortáveis, mas também referências a camas menos confortáveis. Um problema relacionado com o ruído da cozinha nas primeiras horas da manhã foi destacado por um hóspede que ficou num quarto próximo desta área. Adicionalmente, um cheiro a mofo em alguns quartos sugere que a ventilação poderia ser melhorada para melhorar a experiência do hóspede. No geral, embora o hotel ofereça acomodações limpas e básicas, a atenção ao conforto, controlo de ruído e frescura dos quartos poderia elevar a experiência do hóspede.